Se encuentran en Esparragalejo restos arqueológicos de la Edad de Bronce, El castro o poblado calcolítico de Esparragalejo se encuentra situado en el lugar llamado Los Olivares, a unos 500 metros de la orilla derecha del Guadiana y en una suave colina de unos 245 metros de altitud.
En el año 194 a.C., llegan los romanos a la comarca de Mérida, creando en el lugar un campamento militar, de carácter permanente, dotándolo de los servicios de la época, entre otros el abastecimiento de agua, para lo cual construyeron una presa, de cuyo embalse se abastecía el campamento, a través de un acueducto. Levantado junto al antiguo cementerio, tenía como finalidad defender los pasos del Guadiana por su orilla derecha y al mismo tiempo tener libre de posibles enemigos la calzada o vía, que después se llamaría de la Plata y que conducía a la Sierra de Gredos.
Es muy probable que el núcleo de población romana de Esparragalejo pudiera haber servido de mansión en la calzada o vía romana que desde Olisipo (Lisboa) llegaba a Emérita. Los restos de esta calzada afloran por Valdelacalzada, Puebla de de la Calzada y La Garrovilla, entrando en Emérita por el puente romano sobre el Albarregas.
Después de la invasión árabe se produjo la decadencia del lugar, que continuo durante siglos hasta epoca reciente.
A consecuencia de la victoria de los cristianos en las Navas de Tolosa en 1212, se intensificaron los ataques contra los árabes. Durante la campaña de Sevilla por las tropas castellanas, entre los años 1.227 y 1.236 bajo el reinado de Fernando III el Santo, las órdenes militares reconquistaron la Baja Extremadura.
Por su parte Alfonso IX, rey de León y padre del anterior, tomó Alcántara, con asistencia de caballeros castellanos, pretendió conquistar Cáceres y llegó hasta Mérida, desistiendo de su conquista. En nueva expedición contra los musulmanes, auxiliado por la ordenes militares de Calatrava y Alcántara y por soldados castellanos y extranjeros, tomó Valencia (1221) y Cáceres el 23 de abril de 1229, a la que dio Fuero; y en 1229-30 se apoderó de Montánchez, ganó la batalla de Alange y ocupo Mérida, Badajoz y Elvas dejando abierto el camino hacia Sevilla.
Tras la conquista cristiana de Mérida, en el año 1230 por el rey leonés Alfonso IX, Esparragalejo continúa integrado en Mérida, primero de forma exclusiva del Arzobispado de Santiago de Compostela y, a partir de 1231, como posesión compartida entre éste y la Orden de Santiago. En el año 1235, se concedió el primer Fuero a Merida, formando una Encomienda bajo el tipo de Comunidad y Tierra hasta su disolución. En 1327 el maestre Vasco Rodríguez de Cornago le concede a Mérida un segundo Fuero.
Con el Fuero, se impulsa la repoblación de la Encomienda y se refunda Esparralagalejo en 1504 por el Maestre santiaguista Don Juan de Pacheco y materializada por Don Pedro López de Porres, Comendador de Mérida, quien eligió el asentamiento por sus buenas condiciones naturales, dándole el nombre «La Dehesa del Esparragal», por la abundancia de espárragos silvestres que lo cubrían, cambiándose posteriormente al de Esparragalejo, a consecuencia de la escasez de habitantes.
Debido a su situación, Esparragalejo sufre los efectos de las contiendas con la vecina Portugal, así en 1475, sufre la ocupación de las tropas del rey de Portugal Alfonso V. En el reinado de Carlos V se produjo la sublevación de los Comuneros en 1520 y Mérida y su comarca tuvo que contribuir con hombres y dinero para hacer frente a esta sublevación. Eparragalejo contribuyó con 7.900 maravedis y 10 hombres para la milicia. y en 1811 sufre la ocupación de las tropas francesas durante la Guerra de la Independencia.
Antonio Vegas en su Diccionario Geográfico Universal, Tomo II, publicado en Madrid en el año 1795. dice:
«Esparragalejo, Lugar de España en la Provincia de Estremadura, Partido de Merida: es del Señorio de las Ordenes Militares, y tiene Alcaldes Pedaneos.»
En el año 1826, Sebastián de Miñano; en su Diccionario Geográfico Estadístico, publicado en Madrid, se refiere de la siguiente manera.
«Esparragalejo, Lugar Ordenes de España, provincia de Estremadura, partido de Mérida, priorato de San Marcos de Leon. Alcalde Pedaneo, 143 vecinos, 562 habitantes, 1 parroquia, 1 pósito. Situado a orilla del Guadiana, en el camino que conduce desde Badajoz á Mérida, al O. de esta ciudad y al E. de aquella. Produce granos, dehesas de pasto, monte bajo de encina , y algun aceite. Dista 9 leguas de la capital, 1 de la cabeza de partido, 12 de Cáceres y 54 de Madrid. Contribuye 2,251 rs. 8 mrs.»
En el Catastro de Mérida del Marqués de la Ensenada, año de 1753, Esparragalejo, figuraba como aldea de Mérida. Con la desaparición de los señoríos en 1812, amparándose en la Constitución de 1812, pasa una etapa de intermitencia entre la independencia y dependencia de Mérida. Esparragalejo adquiere definitivamente su independencia municipal en el año 1835 durante el Reinado de Isabel II y bajo la Regencia de su madre la Reina Gobernadora María Cristina de Borbón por Real Decreto para el arreglo provisional de los Ayuntamientos de la Península é Islas adyacentes, publicado el martes , 4 de agosto de 1835 en el nº 65 del Boletín Oficial de la Provincia de Badajoz.
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